Став великим князем, Дмитрий Шемяка проводил политику восстановления порядков феодальной раздробленности. Он признал независимость Новгородского государства. В Суздальско-Нижегородское княжество были возвращены местные князья.

Длительная феодальная война принесла неисчислимые бедствия народным массам. Сёла и деревни «пустели» от татарских набегов и непосильных налогов. Феодалы расхищали «чёрные» крестьянские земли. В стране обострялась классовая борьба и подъём её явился одной из причин, заставивших удельных князей и бояр временно прекратить сопротивление политике великокняжеской власти.

Вскоре после взятия Москвы Дмитрием Шемякой московские служилые люди, недовольные его политикой, начали добиваться возвращения в Москву Василия II. Шемяка, увидев, что многие прежние сторонники покидают его, был вынужден отпустить великого князя из заточения. Василий Тёмный начал борьбу за возвращение великого княжения. Он отправился в Тверь, где сумел договориться с князем Борисом Александровичем, перешедшим теперь на его сторону. В Тверь к Василию II стали съезжаться московские бояре и «слуги вольные» со своими людьми. В конце 1446 г. Василий II отправил небольшой отряд во главе с боярином Михаилом Плещеевым, который занял Москву, не встретив сопротивления. Дмитрий Шемяка, поддерживаемый враждебным Москве новгородским боярством, в течение нескольких лет ещё продолжал совершать набеги на отдельные, преимущественно северные, районы (Устюг, Вологду).

После разгрома войск Дмитрия Шемяки ряд феодальных княжеств Северо-Восточной Руси подчинился московскому правительству. В 1456 г. московские войска под предводительством Василия II выступили против Новгорода. Новгородское ополчение потерпело поражение. По договору, заключённому в Яжелбицах, на Новгород налагалась большая контрибуция.

Политическая самостоятельность Новгородской республики была значительно стеснена. Новгородское правительство лишалось законодательных прав и прав самостоятельного ведения внешней политики. В 60-х годах XV в. был сильно ограничен суверенитет и Псковской боярской республики.