Наступление господствующего класса на непосредственных производителей материальных благ резко ухудшало положение крестьян и посадских низов, приводило к обострению классовой борьбы в деревне и городе, где борьба велась, с одной стороны, «чёрными» тяглыми людьми против господствующего класса феодалов, а с другой — низами — против купеческой верхушки посада.

В XVI в. широкое распространение получили крестьянские побеги. Спасаясь от непосильного гнёта, крестьяне и холопы в поисках лучшей доли бежали в южные степи и на Урал, содействуя колонизации и освоению новых районов страны. Побеги крестьян и холопов особенно участились с середины XVI в. и явились одной из причин запустения многих сёл и деревень в центре страны. Временами классовая борьба народных масс принимала и более активные формы открытых покушений на собственность и жизнь феодалов. Нередки были случаи насильственной запашки земель феодалов крестьянами, порубки их леса, захвата покосов. Особенно напряжённой была борьба черносошных (государственных) крестьян против захвата волостных земель феодалами. К концу XV — началу XVI в. относятся многочисленные протесты крестьян против захвата их земли монастырями-вотчинниками. Известны случаи отказа частновладельческих крестьян от выполнения тех или иных повинностей в пользу своих господ. При нападении на помещичьи усадьбы часто уничтожались документы, закреплявшие право помещиков на землю и крестьян. В официальных документах конца 30-х и 40-х годов XVI в. появляется всё больше указаний на действия «разбойников», под которыми правительство зачастую разумело тех, кто с оружием в руках выступал против крепостнического гнёта.

Банк Тинькофф

В XVI в. угнетённые слои посадского населения неоднократно пытались заявить свой протест путём открытых выступлений. Волнения происходили в Москве, Пскове, Новгороде, Опочке, Великом Устюге и в других городах.

Крестьянские и городские движения конца XV и XVI в., вспыхивавшие в отдельных местах Русского государства, были стихийными и неорганизованными, что позволяло правящим кругам подавлять их. Тем не менее они заставили господствующий класс феодалов приступить к реорганизации центрального государственного аппарата с целью упрочения своей власти над эксплуатируемым большинством населения страны.

Напряжённость классовых отношений в стране влияла и на развитие русской общественной мысли. Для конца XV и для XVI в. характерно оживление религиозного вольнодумства, постепенное распространение реформационного движения.