Укрепление Русского государства в конце XV — начале XVI в. сделало возможным решение большой исторической задачи — воссоединения с ним русских земель, находившихся под властью Великого княжества Литовского. Первым шагом на этом пути была так называемая пограничная война между Россией и Великим княжеством Литовским (1487—1494 гг.).

Уже в ходе этой войны отчётливо обнаружилась тяга русского населения Великого княжества Литовского к Москве, показателем чего был переход на сторону Ивана III князей Воротынских, Белевских и Вяземских вместе со своими владениями. По договору 1494 г. Литва признавала за Русским государством все перечисленные территории. Расстояние между Москвой и государственной границей на западе увеличилось более чем в два раза.

Договор 1494 г., не решавший всей проблемы присоединения русских земель, находившихся под властью Литвы, оказался недолговечным. Новая русско-литовская война началась переходом в начале 1500 г. на сторону Ивана III князей Семёна Вельского, Семёна Ивановича Стародубского и Василия Ивановича Шемячича Новгород-Северского. Переход этих князей с их сотчинами показал непрочность Великого княжества Литовского. Летом 1500 г. в битве на реке Ведроши у Дорогобужа литовская армия была наголову разбита, а её воевода князь Константин Острожский попал в плен. Одновременно русские войска заняли Северскую Украину.

Банк Тинькофф

Выступление Ливонского ордена на стороне литовских феодалов не облегчило положение князя Александра Казимировича, получившего в 1501 г. и польскую корону. В 1501 г. войска Ивана III нанесли поражение литовцам под Мстиславлем в Ордену под Гельмедом (в Ливонии). Активные действия на литовских рубежах союзников Ивана III — крымского хана Менглы-Гирея и господаря молдавского Стефана ещё более ослабили позиции Литвы, принуждённой начать мирные переговоры с Русским государством. Перемирие 1503 г. закрепило победы русских войск в войне с Великим княжеством Литовским. В состав России отныне вошла огромная территория на всём протяжении русско-литовской границы, в том числе Чернигово-Стародубское княжество (с городами Черниговом, Стародубом, Гомелем), Новгород-Северское княжество (с городами Новгород-Северским и Рыльском), а также города Брянск, Карачев, Мценск, Дорогобуж и др. Присоединение всех этих земель создавало благоприятные условия для развития экономических и культурных связей России с белорусским и украинским народами. В том же 1503 г. заключил перемирие с Русским государством и Ливонский орден. Это перемирие неоднократно возобновлялось, причём русской дипломатии удалось добиться от Ордена согласия на уплату дани за Юрьев (Тарту), некогда входивший в состав древнерусского государства.

Преемник Ивана III, его сын Василий III, продолжал политику объединения русских земель. В годы правления Василия III был присоединён ряд выморочных удельных княжеств, в том числе Волоколамское (1514 г.), Калужское (1518 г.), Угличское (1521 г.). Военная угроза, нависшая над южными границами Руси со стороны Крыма и Литвы заставила Василия III поспешить с ликвидацией Стародубского и Новгород-Северского уделов и присоединить к Русскому государству Рязанское княжество (1522 г.). Северский князь Василий Шемячич был «пойман» и брошен в заточение, а последнему великому князю рязанскому Ивану Ивановичу удалось бежать в Литву, где он продолжал интриговать против Василия III. Для управления уничтоженными уделами в Москве создавались особые учреждения — дворцы во главе с дворецкими, осуществлявшие контроль над деятельностью местной администрации. В первой трети XVI в. существовали новгородский, тверской, рязанский и, по-видимому, угличский дворцы, позднее был учреждён дмитровский дворец. Областные дворцы сыграли свою роль в деле включения бывших удельных земель в систему централизованного управления. Их ликвидировали во второй половине XVI в. в связи с формированием приказов, в которых намечалась замена территориального принципа управления функциональным (когда приказу подведомственна какая-либо одна отрасль управления).

В начале XVI в. завершился длительный процесс присоединения Псковской республики к Русскому государству. В 1510 г. Псков был окончательно включён в состав Русского государства, вече уничтожено, знатнейшие семьи псковского боярства выведены в центральные районы страны, а на их место поселены московские служилые люди.

Крупную победу одержали русские войска в новой войне с Великим княжеством Литовским (продолжавшейся с перерывом с 1507 по 1522 г.): после трёхмесячной осады в 1514 г. был взят Смоленск, древний русский город и важнейшая крепость на путях в Белоруссию. Таким образом, в первой трети XVI в. закончилось воссоединение русских земель в единое государство. Вопрос о воссоединении украинского и белорусского народов с русским народом удалось разрешить значительно позднее.