После поражения под Москвой главными базами восстания становятся Калуга и Тула. Район, охваченный восстанием, не только не уменьшился, а, наоборот, расширился, включив в себя города Поволжья. В Поволжье против крепостников выступили татары, мордва, мари и другие народы. Таким образом, борьба шла на большой территории.

Особенно острым было положение в районе Рязани — Брянска и в Среднем Поволжье, не затухала борьба и в Новгородско-Псковской области, на Севере и в Астрахани. Кроме того, возникшее на Тереке движение, возглавлявшееся самозванцем «царевичем» Петром, мнимым сыном Фёдора Ивановича (это имя принял Илья Горчаков, происходивший из посадских людей города Мурома), к началу 1607 г. переросло рамки чисто казацкого выступления и слилось с восстанием Болотникова. Правительство Шуйского стремилось подавить все центры и очаги восстания. Болотников был осаждён в Калуге войсками Шуйского. Безуспешная осада Калуги продолжалась с декабря 1606 г. по начало мая 1607 г. Во втором важнейшем центре восстания — Туле находился «царевич» Пётр.

Безуспешность попытки Василия Шуйского одним ударом завершить разгром восстания Болотникова показала, что, несмотря на поражение под Москвой, силы восставших были далеко ещё не сломлены. Поэтому продолжая борьбу против основных сил Болотникова под Калугой, правительство Шуйского одновременно принимает меры и для подавления восстания в других районах.

Туры в Таиланд - 728*90

Борьба под Калугой завершилась в мае 1607 г. битвой на реке Пчельне, где войска Шуйского были наголову разбиты и бежали. Поражение войск Шуйского и снятие осады Калуги означало огромный успех восстания Болотникова. Это привело к острому конфликту между царём и боярами, требовавшими отречения Василия Шуйского.

После поражения войск Шуйского на Пчельне и снятия осады с Калуги Болотников отошёл к Туле и объединился там с «царевичем» Петром.

За это время Шуйскому удалось собрать новые силы и достигнуть временного соглашения между основными группами господствующего класса — боярами и дворянами. Поддержка дворянства была получена Шуйским благодаря ряду мероприятий.

Одним из важнейших среди них было законодательство по крестьянскому вопросу. Дело сыска беглых крестьян в результате противоречивого законодательства Бориса Годунова и Лжедмитрия I находилось в очень запутанном состоянии. Из-за беглых крестьян шла острая борьба между землевладельцами.

Уложение 9 марта 1607 г., являвшееся основным законодательным актом правительства Шуйского по вопросу о крестьянах, имело своей целью пресечение крестьянских переходов от одного землевладельца к другому. Уложение устанавливало 15-летний срок для сыска беглых крестьян. Издание этого закона отвечало требованиям землевладельцев и в первую очередь помещиков. Оно должно было повлечь за собой прекращение острой борьбы из-за беглых крестьян между отдельными группами землевладельцев, а следовательно, и объединить их для борьбы с Болотниковым. Законодательство Шуйского, укрепляя крепостничество, ухудшало положение крестьян. Политика Шуйского в отношении крестьян и холопов была подчинена целям подавления восстания Болотникова.

21 мая 1607 г. Василий Шуйский начал новый поход против Болотникова и «царевича» Петра, закрепившихся в Туле. В Серпухове были сосредоточены войска, предназначенные для осады Тулы, во главе которых стал сам царь. Первая встреча царских войск с отрядами Болотникова произошла на реке Восьме и закончилась поражением восставших. Неудачным для Болотникова было и сражение на реке Вороньей (в 7 км от Тулы). Шуйский начал осаду Тулы, четырёхмесячная оборона которой явилась заключительным этапом в истории восстания Болотникова.

Несмотря на численное превосходство войск Шуйского, осаждённые мужественно защищали Тулу, отражая все штурмы врага. Осенью на реке Упе осаждающими была сделана плотина, вызвавшая наводнение. Вода залила в Туле погреб с боеприпасами, испортила хлебные и соляные запасы. Но и положение Василия Шуйского под Тулой было сложным. В стране шла непрекращающаяся борьба крестьян и холопов. Появился новый самозванец, объявивший себя в городе Стародубе-Северском «царём Дмитрием». Этот авантюрист, выдвинутый враждебными Русскому государству польскими феодалами, широко использовал социальную демагогию, пообещав крестьянам и холопам «вольность». Имя «царя Дмитрия» первоначально привлекало к самозванцу широкие народные массы. В сентябре 1607 г. Лжедмитрий II начал поход из Стародуба на Брянск.

В этих условиях Шуйский предпринял переговоры с защитниками Тулы о капитуляции, обещав сохранение жизни осаждённым. Истощённый гарнизон Тулы сдался 10 октября 1607 г., поверив ложным обещаниям царя. Падение Тулы было концом восстания Болотникова. Закованные в железо Болотников и «царевич» Пётр были доставлены в Москву.

Сразу же по возвращении Василия Шуйского в Москву «царевич» Пётр был повешен. На расправу же с подлинным вождём восстания Ивавом Болотниковым Шуйский решился лишь через полгода после взятия Тулы. Иван Болотников был отправлен в Каргополь и там в 1608 г. был сначала ослеплён, а затем утоплен.