Перед новым правительством стояла задача окончания военных действий с Польшей и Швецией и очищения территории страны от бродивших во многих местах вооружённых отрядов, не признававших власти нового царя.

Вести о победе народного ополчения над польскими захватчиками, об освобождении Москвы оказали большое влияние на население занятой шведами Новгородской земли. С весны 1613 г. здесь началось народное движение против оккупантов. Первыми выступили жители Тихвина, освободившие город от захватчиков в мае 1613 г., затем восстало население Порхова и Гдова.

Борьба со шведами велась главным образом в районе Тихвина, стоявшего на пути из Новгородской земли в центральные районы России. После провала попыток взять Тихвин штурмом Делагарди начал длительную осаду города, также закончившуюся неудачей. Жители Тихвина, укрывавшиеся за его стенами окрестные крестьяне и воинский отряд, прибывший из Москвы, сумели нанести шведам поражение, заставившее их не только снять осаду Тихвина, но и отказаться от дальнейших наступательных операций в направлении к центру Русского государства.

Разбитая под Тихвином шведская армия разбрелась по всему северу. Отдельные отряды её действовали в Заонежских погостах, грабя и убивая местное население, разоряя и сжигая деревни. Они подходили к Холмогорам, пытаясь взять их штурмом. Однако шведские отряды наёмников теперь были не страшны.