Известием, встревожившим Петра во время его пребывания в Вене, было донесение о новом стрелецком бунте. Стрелецкое войско, находясь на западной границе, в районе Великих Лук, самовольно двинулось к Москве.

Оно было разбито верными правительству войсками недалеко от Москвы, под Новым Иерусалимом. Дополнительное расследование причин выступления стрельцов, произведенное при участии Петра по его возвращении в Москву, показало, что нити заговора находились в руках царевны Софьи, содержавшейся в монастыре. После следствия, установившего, что Софья с помощью стрельцов намеревалась свергнуть Петра, около 800 стрельцов было казнено, а остальные отправлены в ссылку. Эта расправа означала конец стрелецкого войска.