Разгром Польши, усиление позиций Германии резко повысили опасность превращения в плацдарм войны против СССР территорий Прибалтийских стран — Эстонии, Латвии, Литвы и Финляндии. Советское правительство не могло не учитывать, что реакционные правительства этих стран на протяжении многих лет вели антисоветскую политику и сыграли не последнюю роль в срыве соглашения о взаимной помощи между СССР, Англией и Францией, отвергнув сделанное летом 1939 г. предложение СССР о гарантии безопасности этих государств от нападения гитлеровской Германии. С началом войны в Европе антисоветские настроения правящих кругов Прибалтийских стран еще больше усилились. Выход из создавшегося положения Советское правительство видело в заключении с государствами Прибалтики пактов о взаимопомощи, чтобы, взяв на себя их защиту, обеспечить этим безопасность и своей страны.

Получив от Советского правительства предложение о заключении таких пактов, правительства Эстонии, Латвии и Литвы были вынуждены принять советские предложения. В конце сентября — начале октября 1939 г. между СССР и Эстонией, СССР и Латвией, СССР и Литвой были подписаны пакты о взаимной помощи. В каждом из них предусматривалась взаимная помощь, в том числе и военная, в случае нападения или угрозы нападения со стороны любой великой европейской державы на одну из договаривающихся сторон. СССР обязался оказывать Эстонии, Латвии и Литве помощь вооружением и другими военными материалами на льготных условиях. Со своей стороны Эстония, Латвия и Литва предоставили Советскому Союзу на их территориях право арендовать несколько баз для военно-морского флота и аэродромов и содержать на участках, отведенных под эти базы и аэродромы, строго ограниченное специальным соглашением количество советских войск.

В целях укрепления дружбы между СССР и Литвой Советское правительство передало Литве ее древнюю столицу Вильнюс и Вильнюсскую область, захваченные в августе 1920 г. Польшей и освобожденные Красной Армией в сентябре 1939 г.